Կենսաքիմիական սկրինինգն արյան հետազոտություն է, որի ժամանակ ուսումնասիրվում են սպիտակուցների որոշակի տեսակներ՝ ցույց տալով քրոմոսոմային անոմալիաների կամ նյարդային խողովակի ձևախեղումների վտանգը։ Կենսաքիմիական սկրինինգը սովորաբար անցկացվում է երկու փուլով՝ 10-13-րդ շաբաթում (առաջին եռամսյակի սկրինինգ, կրկնակի թեստ) և 16-20-րդ շաբաթում (երկրորդ եռամսյակի սկրինինգ, եռակի թեստ)։

Առաջին սկրինինգը պահանջում է մարդու խորիոնային գոնադոտրոպինի և A պլազմային պրոտեինի մակարդակի հետազոտություն։ Դրանց հարաբերակցությունից ելնելով հնարավոր է կասկածել, որ քրոմոսոմային անոմալիա կա։ Երկրորդ սկրինինգի ընթացքում հետազոտվում է մարդու խորիոնային գոնադոտրոպինը, ալֆա-ֆետոպրոտեինը և ազատ էստրադիոլը։

Մարդու խորիոնային գոնադոտրոպինի մակարդակի նվազումը վկայում է պտղի զարգացման հապաղման, նրա մահվան կամ վիժման վտանգի, պտուղընկերքային անբավարարության, Էդվարդսի համախտանիշի մասին, իսկ բարձրացումը վկայում է Դաունի համախտանիշի, մոր շաքարային դիաբետի կամ գեստոզի, բազմապտուղ հղիության մասին։ Ալֆա-ֆետոպրոտեիննարտադրվում է պտղի օրգանիզմում և մոր արյան հոսք է անցնում ամնիոտիկ հեղուկի և պտղապարկի միջով։

Բարձր մակարդակը վկայում է նյարդային խողովակի թերզարգացման, լյարդի և երիկամների անոմալիաների, պորտի ճողվածքի, գաստրոշիզիսի մասին, դիտվում է նաև բազմապտուղ հղիության դեպքում։ Ցածր մակարդակը դիտվում է տրիսոմիաների ժամանակ (Դաունի, Էդվարդսի համախտանիշ), պտղի զարգացման հապաղման կամ մահվան, հղիության ընդհատման վտանգի դեպքում։

Ազատ էստրադիոլն արտադրվում է ընկերքի կողմից, իսկ արդյունքում նաև պտղի լյարդի կողմից։ Ցածր մակարդակը վկայում է արգանդընկերքային համակարգի վատ արյան հոսքի մասին, հետևաբար և պտղի վիճակի վատացման մասին։ Բարձր մակարդակը պտղի պաթոլոգիայի նշան չէ, դիտվում է բազմապտուղ հղիության կամ մոր լյարդի ու երիկամների հիվանդությունների դեպքում և այլն։ Կենսաքիմիական սկրինինգը պարտադիր գնահատվում է ՈւՁՀ-ի արդյունքների հետ միասին։ Այդ դեպքում նյարդային խողովակի դեֆեկտների և Դաունի ու Էդվարդսի համախտանիշի ախտորոշման արդյունավետությունը 94% է կազմում։